Misją Fundacji Centrum Badań Polska-Ukraina są działania na rzecz rozwoju współpracy i pozytywnych relacji polsko-ukraińskich w wymiarze politycznym, społecznym i gospodarczym.
Fundacja Centrum Badań Polska-Ukraina realizuje swoją misję w pierwszej kolejności poprzez działalność wydawniczą i publicystyczną: jest wydawcą Portalu Polsko-Ukraińskiego polukr.net, wydaje także publikacje naukowe (w tym we współpracy z partnerami zagranicznymi), jak również poprzez organizację konferencji naukowych, debat, dyskusji i spotkań poświęconych bieżącym problemom relacji polsko-ukraińskich.
Przedstawiciele Fundacji w Polsce i na Ukrainie uczestniczą w dyskusjach poświęconych aktualnym relacjom polsko-ukraińskim i perspektywom ich rozwoju. Są publicystami i komentatorami polskich i ukraińskich mediów. Dużą wagę poświęcamy również wsparciu demokratyzacji wschodniego sąsiada poprzez poszerzanie doświadczenia polskiej transformacji.